Ok, credo di aver capito cosa intendi, ciò che non capisco è quale sia il ruolo della classe e della serializzazione.
Mi spiego meglio :
se tu vuoi manipolare un xml con linq to xml ok, basta che ti leggi il documento xml e usi il metodo XAttribute.Remove per rimuovere attributi o il metodo Add del XElement che stai utilizzando per aggiungerli, ma non credo che questo sia il tuo problema, perchè nel caso ti sarebbe bastato leggerti qualche esempio (google è pieno) o la documentazione msdn. Detto questo, a giudicare dal fatto che hai tirato in ballo la classe e la serializzazione, credo che tu voglia manipolare il file xml, ma poi dopo averlo manipolato utilizzarlo per trasformarlo in un oggetto .NET, quindi deserializzare... ho capito bene?

ma se è così allora perchè non ti basta la serializzazione classica? perchè dovresti complicarti la vita?

oppure ciò che vuoi è manipolare ad esempio il numero o il tipo di proprietà della classe?