Ciao,
non so bene se possa includerlo nei prerequisiti con la pubblicazione semplice, se si potresti trovarlo in progetto>proprietà di...>scheda "Pubblica"
il punto è che non so se aggiungendo il file da installare poi ci sia modo di lanciarlo come prerequisito. Io uso sempre un setup apposito per diverse ragioni.
In ogni caso potresti crearti un progetto di installazione con la versione Ultimate, in questo modo puoi controllare tutti gli aspetti sia estetici che pratici del setup. Oltretutto dai un aspetto molto più professionale alla tua applicazione.