Se hai l'eseguibile fai la chiamata all'eseguibile senza passare per JNI, quello è già completo. come dice il mio capo: dalla salsiccia non torni al maiale, tu hai la salsiccia e quella devi usare.
Tu hai l'eseguibile, da questo non torni indietro per avere il sorgente da integrare con JNI.