il main è una funzione come un'altra, su questo ci sei? la usi solo come punto di ingresso nel programma.

se tu tutto quello che fai nel main lo vai a mettere dentro un'altra funzione (anche dentro un'altro file se ti crea problemi), cambia qualcosa? No.
Ovviamente in questo caso devi ricordarti di portarti dietro i parametri (mica ce li perdiamo). Questa è una modifica del tutto trasparente per l'utente, ma che a te consente di trattare il tuo programma come fosse una funzione che già sai trattare con JNI. E' un girarci intorno.