Stai applicando in maniera sbagliata il bubblesort, non devi continuare a confrontare l' elemento di indice i con quello di indice j.Semmai l' elemento di indice i con l' elemento di indice i+1, altrimenti confronti sempre lo stesso elemento:

codice:
        char[] ordinato=k.toCharArray();
    	for(int i=0;i<k.length()-1;i++)
    	{
    	    for(int j=0;j<k.length()-i-1;j++)
    	    { 
    	          if(ordinato[j] > ordinato[j+1])
    	          {
    	              char temp=ordinato[j];
    	              ordinato[j]=ordinato[j+1];
    	              ordinato[j+1]=temp;
    	          }
    	    } 
    	}
Ti consiglio di prenderti l' algoritmo del bubblesort e di provare ad implementarlo per conto tuo.