A parte il fatto che non si capisce cosa sia contatore e a cosa serva, il consiglio è di rivedere il programma facendo

1) utilizza un array (anche di interi) e lo dimensioni con le righe e colonne richieste

2) azzeri tutto l'array

3) leggi il file scandendo tutte le coordinate presenti usandole come indici per modificare gli elementi dell'array

4) visualizza l'array scrivendo la X in base al contenuto di ogni elemento