tieni traccia di tutti i Rectangle che crei. Registra il listener per il mouse, recupera le coordinate del click e verifica con contains di Rectangle se il punto appartiene ad un Rectangle o meno (fai un ciclo for su tutti i Rectangle). Se è contenuto allora ne cambi il colore, se invece è esterno non fai niente (oppure potresti cancellare la selezione precedente, ce ne fosse una).

Mi sa che io stesso ho scritto qualcosa/sono intervenuto qui sul forum per una problematica simile qualche mese fa. Prova a fare una ricerca.