la modifica del file js te la sconsiglio vivamente, è abbastanza complesso te lo assicuro...

L'unico "trucchetto" che mi è venuto in mente è quello di dividere la creazione dei cluster in + parti andando a spezzettare l'array che contiene i marker.

Per esempio se hai un array di marker di 21 elementi potresti dividere l'array in 3 parti.... cicli i primi 7 elementi e crei il cluster, poi passi ai sucessivi 7 e richiami nuovamente il costruttore del cluster e cosi via per l'ultimo. Una cosa è da precisare, non sei tu a decidere come vengono aggregati i marker, l'aggruppamento viene deciso tramite un algoritmo particolare, puoi solo mettere dei "paletti" andando a valorizzare alcune opzioni del costruttore MarkerClusterer. Quindi l'utlizzo di questo "trucco" può portare delle anomalie. Per esempio se alcuni marker del primo gruppo(da 1a7) sono vicini geograficamente a marker del secondo gruppo(da 8a14), magari a livelli di zoom bassi, vedresti due cluster uno sopra l'altro, anziche uno. Mai provata una cosa del genere quindi non sono sicuro nemmeno che funzioni, provare però non ti costa nulla.