Se devi semplicemente formattare il disco di sistema, scarica da internet (è free) gparted live, masterizzi il disco e poi avvii il pc con boot da cd.
Poi con l'apposita utility di gestione disco disponibile in gparted formatti il disco.

Se devi formattare per reinstallare un nuovo sistema operativo windows, lo fai direttamente dal disco di installazione.