In breve dopo che hai fatto upload dell'immagine originale da croppare, tramite url chiami iil tuo script(il mio chiama questi metodi):

I dati che io uso in POST li prendo da una chiamata ajax e li prendo dall'html che mi genera il plugin.
Ovviamente puoi prenderli da GET se avrai una tua url in GET o che altro

Codice PHP:
    function saveCropImgNews(){    
    //qui ho tolto parte di codice che crea i path tanto non ti servono come per me    
//$img_x_crop path immagine originale e non url
//$destination Nuova immagine (Path)
        $result = self::cropFlash($_POST['w'], $_POST['h'], $img_x_crop, $destination, true, $_POST['x'], $_POST['y']);
        echo $result;            
    }    


    function cropFlash($width, $height, $src, $destination, $resizeOnly=false, $x,$y)
    {         
                        
        $quality = ( $resizeOnly == true ? "":"-strip -colorspace rgb -density 72" );        
        $cmd = "convert $quality   '".$width."' -crop ".$width."x".$height."+".$x."+".$y." ".$src."  ".$destination;
        shell_exec($cmd);
                                
        if(file_exists($destination)){
            return 1; //file creato
        }else{
            return 2;
        }    
    }