Secondo me le devi creare manualmente tu nella cartella Debug (e poi in Release). Se nelle cartelle ci sono file che il programma dovrà scrivere, sarebbe meglio spostarle altrove, magari sotto la cartella Documenti.
Come comportamento predefinito, per motivi di sicurezza Windows non permette all'applicazione di scrivere nella propria cartella di installazione (e nemmeno nelle sottocartelle). Se questa cosa passava quasi inosservata nelle vecchie versioni di Windows (fino a XP diciamo) da Vista in poi tale controllo è diventato più stringente e tanti software fanno fatica a funzionare se (come sempre più spesso accade) l'account utente non è di tipo amministratore.