Come vedi e' sempre colpa di
libraries/joomla/database/database/mysql.php

ossia ... le procedure di interazione con il db esplodono!
Se hai moltti riferimenti etc... jomla impazzisce proprio perche' esegue troppe query.
Quindi il limite ai dati che puoi stipare in mem viene superato e il sito si blocca.

Si aumentando il limite riparte ... perche' gli lasci piu' spazio per gestire i dati.

Cmq pondera una migrazione appena puoi a sistema migliore che sia maggiormanet ottimizzato.
Jommla sta morendo..

UNitamente al fatto di controllare appunto che non ti sia arrivato un attacco ddos .