Non so se ho capito bene la problematica.

Ad ogni modo, Tomcat 6 di default spacchetta il WAR dopo il deploy (all'interno della cartella "webapps" interna alla home di Tomcat). In questo modo, il file di configurazione della WebApp (il web.xml) è facilmente editabile senza dover ricompilare nulla. L'unica accortezza riguarda il reload dell'applicazione.

Sempre se ho capito bene il tuo problema, altrimenti cerca di spiegarlo più accuratamente.


Ciao.