PHPMailer semplicemente ti serve per inviare mail. Il formato e la disposizione degli elementi sta a te deciderlo.

La soluzione migliore sarebbe riuscire a realizzare la lettera che desideri in formato HTML. Poi fare delle prove di stampa per vedere se viene fuori come vuoi te.

Altrimenti potresti optare per la realizzazione di PDF dinamici che verranno allegati alle mail. Essendo io un fan dello Zend Framework non posso che consigliarti di provare questo modulo.