Fortunatamente per te, stai facendo confusione.
Ti dico subito che non hai alcun problema, così allievi l'ansia.

Forse ti riferisci al fatto che PS ti avverta, al tentativo di conversione metodo colore, se vuoi unire i livelli. Molto semplicemente, rispondi di no.
Sappi pure che è doveroso lavorare in RGB. Se necessaria la conversione in CMYK, è raccomandato farlo solo prima di andare in stampa, dato che alcune funzionalità di PS non sono disponibili in CMYK.
Per quanto riguarda l'aspetto, invece, è normale che tu risenta di cambiamenti.
RGB rappresenta lo spettro della luce, quindi tutti i colori.
Al contrario, CMYK rappresenta i colori di stampa in quadricomia, che sono estremamente più limitati. Solitamente ottieni tonalità meno brillanti.
Tutto ciò vale solo se vai in stampa offset. Se viceversa in digitale, mantieni pure in RGB che è lo stesso.
Magari per il futuro dai un'occhiata al link che ti lascio. Oltre a ciò che ti ho anticipato, troverai altri metodi colore:
http://help.adobe.com/it_IT/photosho...b64-73eea.html
Se ti permangono dubbi, non esitare a domandare.
Ciao.