Dovresti unire le due tabelle con una JOIN.

Codice PHP:

SELECT gruppi
.idgruppi.titolo
FROM gruppi
     JOIN clienti_gruppi ON 
(clienti_gruppi.id_gruppo gruppi.id)
WHERE clienti_gruppi.id '1' AND gruppi.id NOT IN ('1''2''3'
In questo modo selezioni tutti i gruppi del cliente 1 che non hanno l'id 1, 2 e 3.

Era questo che intendevi?