...sostituendo i suoi pixel con quelli nuovi oppure copiare i nuovi pixel in una seconda immagine
Che è quello che gli ho detto anch'io ...

Bho non capisco....
Anche questo l'ho detto io ...

Una volta iniziato il ciclo come devo incamerare i valori in un altro posto?
Cosa non ti è chiaro di ciò che ti è stato detto? Crea un nuovo array e ci metti i dati che hai trasformato ...