mmm non so potresti usare una lista di array , oppure creare una tua classe Matrice rappresentante appunto una matrice ma che abbia dei metodi particolari come l'inserimento di una nuova riga (che gestirai in background con una apposita struttura dati da te scelta , sopra ti ho proposto la prima che mi è venuta in mente) e un metodo che restituisca la matrice in forma di array bidimensionale (se è questo ciò che devi passare al software)