Non ho ben capito come utilizzi i file TXT.
In ogni caso credo che se il programma va a creare o modificare dei file all'interno di C ( partizione di sistema, cosa probabile se si trovano all'interno dell AppDir ) Windows nega l'accesso e quindi è come se non facesse nulla. Per ovviare a questo o esegui l'applicazione come amministratore o modifichi il codice e posizioni i due TXT in un altra cartella non direttamente sotto C

Se invece non crei i file all'avvio del programma ma vuoi che siano creati durante il SETUP devi impostarlo manualmente alla creazione del pacchetto. Ti consiglio di leggerti delle guide per questo perché l'argomento non è proprio semplicissimo ( su Google trovi parecchio )