Altri linguaggi (compilati) hanno appunto i file di progetto, quindi è normale che un file appartenente al progetto sia "risucchiato" e dato in pasto al compilatore. Quando il compilatore trova due file che dichiarano nel codice il medesimo spazio nome, è come se quel codice fosse in un solo file con quello spazio nome.

PHP non ha file di progetto che indichino quali sorgenti scritti in PHP appartengano al progetto stesso. In più è interpretato e non compilato.Ciò significa che se ti occorre il contenuto di un file lo devi sempre indicare esplicitamente, sia pure jit durante l'esecuzione dello script, con una include o require. Se due o più file definiscono il codice all'interno dello stesso spazio nome, allora il codice di entrambi i file è aggiunto in quell'ambito di visibilità.

I file di progetto creati da netbeans, e penso anche da eclipse, hanno lo scopo di definire una tavola dei nomi che permetta di agevolare la scrittura del codice e rilevare degli errori/imperfezioni dello stesso ma non hanno alcuna utilità per il motore di PHP che non ne fa alcun uso.

Da quello che dici, è confermata l'idea per cui il plug in di eclipse è un po' datato e non riconosce namespace come parola chiave di PHP.