Basta leggere con una fscanf le due dimensioni della matrice, e poi con due cicli for leggere l'intera matrice

codice:
fscanf(file, "%d%d", &righe, &colonne);
for(i=0; i<righe; i++)
    for(j=0; j<colonne; j++)
         fscanf(file, "%d", &matrice[i][j]);