A dire il vero è poco chiaro.
Dovresti spiegare cosa rappresentano le variabili che usi, alcune si capisce, altre no.
Poi mostra anche un esempio di cosa è contenuto nel file txt.

Ad ogni modo si vede che vieni da altri linguaggi e non usi molto PHP, penso che 2 cicli for potresti sostituirli con foreach evitandoti un po' di contatori.