Dato il tuo array $a:
Codice PHP:
echo $a[1]['x']; //stampa 5
echo $a[1]['y']; //stampa 3
echo $a[1]['z']; //stampa X 
Ma ti consiglio di partire con l'indice 0 per coerenza con gli indici degli array che partono da 0.
In questo modo dentro il for puoi scrivere

Codice PHP:
$x $a[$i]['x'];
$y $a[$i]['y'];
$z $a[$i]['z'];