ci vuole un "trigger" per lanciare il php... se non è possibile "programmare" il sistema di aggiornamento del csv stesso (aggiungendo in sostanza un "lancio" dello script) l'unica possibilità è un intervento "esterno" che faccia un monitoraggio del file stesso, ma questo normalmente avverrebbe con un timing stabilito, quindi p.es.:

SOLUZIONE 1: scheduling
con "crontab" o simile (cerca in questo stesso forum) lanci uno script php di appoggio a intervalli prestabiliti (es.: una volta al giorno)... questo controlla se il csv è cambiato (p.es. guardando l'ultima data di accesso) e in caso affermativo richiama il tuo script principale (con un semplice "include")

SOLUZIONE 2: gestione server
se hai possibilità di configurare il server... il gestionale si collegherà in qualche modo al server (forse via ftp?) si potrebbe modificarne le impostazioni in modo che ad ogni "upload" sia richiamato poi il tuo script php