No non funziona, continuo a sbagliare.
Lo script adesso è così:

<script>
$( "#dialog-confirm" ).dialog({
resizable: false,
modal: true,
autoOpen: <%=(Boolean) session.getAttribute("popup")%>,
buttons: {
"Ok": function() {
$("div#menu_navigazione").css("display","block") ;
$('#overlay').fadeOut('fast');
$( this ).dialog( "close" );
}
}
});

</script>


Quello che succede (ma succedeva già prima) è che il div è sempre visibile ma non come dovrebbe, nel senso che così come ho fatto in un'altra pagina, dovrebbe venir fuori il popup al centro della pagina con lo sfondo oscurato. E non fa niente di tutto questo.