...gira il problema sotto un'altra ottica
Anzichè eseguire direttamente gli script da apche, ti "scrivi" qualcosa (chessò, un file, anche vuoto) nel momento in cui premi "salva" o "attiva firewall" e un altro file in cui scrivi le istruzioni iptables. In background gira un semplice script, tramite CRON ovviamente dell'utente root, che verifica la presenza di questo file. Se il file c'è, esegue le istruzioni iptables del secondo file e cancella il primo.

Un po' maccheronico, ma funziona