Ovviamente tutto è più facile potendo vedere del codice!!!

Ad ogni modo
1. se ti ci vogliono 10 min per generare il file... sei sicuro che non si possa far nulla per ottimizzare la cosa?
2. il tuo script ha degli echo che inviano al browser, riga per riga (solitamente), le righe dell'excel. Impare come scrivere un file su disco (quello del server!) e sostitusci gli echo con degli fwrite (puoi prendere esempio degli script di cui hai parlato e che fanno dei backup di tabelle: di solito scrivono un file sul disco remoto)