O usare un file di configurazione?
Qualcosa del tipo (per Linux):

codice:
dir-source = /directory/dove/si/trova/il/file
dir-dest = /mnt/di/destinazione/
Che, per Windows, avrà questa faccia:
codice:
dir-source = C:/dove/si/trova/il/file
dir-dest = X:/
Ovviamente, se sei su Linux dovrai accertarti di aver montato il disco di destinazione, se sei su Windows dovrai accertarti di aver mappato l'unità disco esterna.

Per quanto riguarda la destinazione, poi, come ho detto prima si può anche usare un percorso UNC (se la destinazione si trova su macchina Windows è sufficiente che sia una cartella condivisa, se si trova su macchina Linux è sufficiente usare samba).

Il programma dovrà solo leggere il file e usare i percorsi che trova.

Fine.

Ciao.