Quel codice non può essere compilato, per un errore di sintassi nella creazione dell'ArrayList. Ammettendo che l'errore sia stato riportato sul forum, ma non nel codice reale, deve esserci anche qualche altro errore.

Questo esempio banale non soffre del problema che hai esposto tu:

codice:
import java.util.*;

public class ArrayInteri {
   public static void main(String[] args) {
      ArrayList<int[]> lista = new ArrayList<int[]>();
      Random r = new Random();
      for(int i=0; i<10; i++) {
         int[] array = new int[5];
         for(int j=0; j<5; j++) array[j] = r.nextInt( 1000 ) + 1;
         lista.add( array );
      }
      for(int[] array : lista) {
         for(int y : array) System.out.print( y + " - ");
         System.out.println();
      }
   }
}
Ciao.