Ho fatto già da subito quello che mi hai detto ... e la lista dei file contenuti in quel path la vedo tutta con tutti i nomi corretti.

Ho risolto riscriverdo tutti i file in una nuova cartella con il nome che mi serviva, però questa operazioni è del tutto poco effiente... ho scritto il codice qui in basso.

Sai dirmi un modo per rinominare semplicemente i file?


codice:
/**
		 * @param args
		 * @throws Exception 
		 */
		public static void main(String[] args) throws Exception {

			System.out.println("");
			String files[] = getLlistFile(PATH_ANIME_FOLDER);
			
                        printStringArray(files);
						
			File[] f = getListFile(PATH_ANIME_FOLDER);
			saveFile(f, PATH_FOLDER);
			
			
		}
		
		/**
		 * Prende tutti  i nomi dei file contenuti nella cartella.
		 * @param path - path della cartella.
		 * @return files - array di stringa inside the name of all file. 
		 */
		public static String[] getLlistFile(String path) {

			File f = new File(path);
			String[] files = f.list();
			
			return files;
		}//end method
		
		/**
		 * Prende tutti i file nella cartella specificata.
		 * 
		 * @param path - path della cartella
		 * @return files - array di file
		 */
		public static File[] getListFile (String path) {
			
			File f = new File(path);
			File[] files = f.listFiles();
			
			return files;
		}

		/**
		 * Stampa tutti i valori all'interno di un array di stringa
		 * @param string - array of string to print every element.
		 */
		public static void printStringArray(String[] string){
			
			for (int i = 0; i < string.length; i++)
				System.out.println(string[i]);	
		}//end method.
		
		
		
		/**
		 * 
		 * @param t - lista dei file
		 * @param sv - percorso dove mettere i nuovi file
		 * @throws IOException
		 */
		private static void saveFile(File[] t, String sv) throws IOException
		 {
			for (int i = 0; i < t.length; i++) {
				
				File nFile = new File(sv+"/" + getTextTo000(t.length, i));
				
				   System.out.println(nFile.getName());
				   System.out.println(nFile.getPath());

				   riscrizioneFile(t, i, nFile);
			}
 
		 }//end method
		
		/**
		 * 
		 * @param count
		 * @param i
		 * @return
		 */
		private static String getTextTo000 (int count, int i){
			
			String name = "";
			
				if (i <= 9)
					name = "00" + i;
				else if (i > 9)
					name = "0" + i;
				else if (i > 99)
					name = "" + i;
				else 
					System.err.print("Errore calcolo del testo " + " *** " + i);

			return name + ".jpg";
		}
		
		/**
		 * Scrive fisicamente i file su disco
		 * 
		 * @param t - array di file.
		 * @param i - indice.
		 * @param nFile - File da scrivere con il nome corretto.
		 * @throws IOException
		 */
		private static void riscrizioneFile (File[] t, int i, File nFile) throws IOException{
			
			   try {
				    
			        FileChannel sourceChannel = new FileInputStream(t[i]).getChannel();
			           FileChannel destinationChannel = new FileOutputStream(nFile).getChannel();
			           sourceChannel.transferTo(0, sourceChannel.size(), destinationChannel);

			       sourceChannel.close();
			       destinationChannel.close();
			   } catch (FileNotFoundException e) {
				   e.printStackTrace();
			}

		}