Non è che costruisci i percorsi ai file js in modo dinamico?

Ad esempio se sul server la root è

www.miosito.it/

da qualche parte hai impostato la variabile

$root = 'www.miosito.it/';

e poi la usi cosi

<script type='text/javascript' src='<?php echo $root ?>js/script.js' ></script>

sulla versione in locale non andrà perché la root sarà invece
http://localhost/