Il main può essere ovunque.

Se tu hai questo path:

codice:
C:\cartella_progetto\pkgA\pkgB\Main.class
(con il file Main.java contenente la dicitura package pkgA.pckB;)

per eseguire da terminale dovrai portarti dentro cartella_progetto e da lì dare il comando

codice:
java pkgA.pkgB.Main