Ciao Lastfire
non so che programma usi. Io uso AppServer e dopo la semplice installazione riesco ad usare normalmente sia l'ambiente PHP che il MYSQL e senza toccare il php.ini che io ho nella cartellla di windows e non in system32.
L'unica cosa a cui pomgo particolare attenzione è la username e la password che imposto durante l'installazione del programma.
Fatta l'installazione mi ritrovo già tutto pronto per lavorare senza problemi.
Per le abilitazioni da effettuare in php.ini qualcun altro saprà consigliarti al meglio.