per quanto riguarda il caricamento sul hosting del cliente, dipende di che hosting parliamo visto che immagino non tutti gli hosting supportino subversion (anzi penso quasi nessuno)... però già gestire la parte di sviluppo (che immagino sia su server vostri) subversion ti scarica di problemi di sincronizzazione, storico e quant'altro (cancellare un pezzo di codice fondamentale e non avere una copia ma ripristinarla dallo storico dei commit non ha prezzo, per tutto il resto c'è mastercard)

Jira come sistema è fatto, a mio parere, molto bene... con 10 dollari ti danno la licenza per 5 programmatori (o 10, non ricordo)... per il resto costa uno sproposito ed è molto pesante sul server..altri non ne conosco molto perché ho usato quasi esclusivamente Jira :O (ha un sistema di autocompletamento delle query che è fenomenale)