Calma e sangue fresco.
Hai posto tre domande diverse, nessuna delle quali ha a che fare con la lettura di file (che tipo di file? Non l'hai specificato) e tutte piuttosto confusionarie.

prima di tutto come devo dichiarare l'Array che mi conterrà i file
Di che array stai parlando?

e soprattutto che tipo devo dichiarare.
Tipo di che?

e come faccio da quest'array e prelevare un elemento dato che devo lavorarci sopra.
Per prelevare un elemento da un array in Java come in qualunque altro linguaggio di programmazione si usa il nome della variabile, indicizzato (tenendo conto che gli array sono 0-based, quindi il primo elemento ha indica 0, il secondo ha indice 1, ecc):

codice:
int[] mioArray = new int[10];   // Creo un array di 10 elementi interi
int valore = mioArray[2];   // Prendo il terzo elemento dell'array
Credo che, più che aiuto nel leggere da file (come recita il titolo della discussione) tu debba chiarirti dei concetti che stanno molto prima: come si lavora in Java (le regole base del linguaggio), quali sono le strutture dati basilari fornite dal linguaggio, quali sono le classi del core standard fornite dal linguaggio, ecc.

PS: fai una ricerca anche in questo forum sull'argomento "lettura da file" e troverai centinaia di discussioni sull'argomento.

Ciao.