Ok, potevi essere più chiaro fin da subito. Ad ogni modo il principio è sempre lo stesso.
Ora, faccio io un passo in più e suppongo che tu voglia ottenere ciascuna coppia (chiave, valore) in questo modo:

codice:
nome_variabile1 -> valore1
nome_variabile2 -> valore2
ecc
Allora, conviene usare un approccio diverso (dal punto di vista della leggibilità): prima spezziamo la stringa usando come delimitatore la virgola, ottenendo così un array contenente solo le stringhe che ci interessano (con le virgolette che andremo poi a togliere). Poi, in questo array avremo in posizione pari le chiavi e in posizione dispari i valori:

codice:
// Spezzo la stringa usando la virgola come delimitatore
String[] tokens = lettaDalFile.split(",");

// Scorro tutto l'array: in posizione pari ho le chiavi, in posizione dispari i valori
for(int i=0; i<tokens.length; i+=2) {
   System.out.println(tokens[i].replaceAll("\"","") + " -> " + tokens[i+1].replaceAll("\"",""));
}
Vogliamo creare una HashMap per poter indicizzare mglio le nostre coppie? Facile:

codice:
HashMap<String,String> mappa = new HashMap<String,String>();

for(int i=0; i<tokens.length; i+=2) {
   mappa.put(tokens[i].replaceAll("\"",""), tokens[i+1].replaceAll("\"",""));
}
Ciao.