le chiamate ajax che fai devono essere fatte allo stesso url da cui arriva la pagina. Se index.htm lo metti nel sistema embed è li che deve esserci l'applicazione server. Questo è un discorso che ha a che fare con la sicurezza: nessun browser ti consentirà di effettuare chiamate ajax crossdomain.

detto questo, nell'handler del dragstop va messa una chiamata ajax che invia al server la posizione dell'elemento:

codice:
$( '.draggablebind' ).bind( "dragstop", function(event, ui) {
    var d=$(this).position();
    var r=$('#room').position(); //importante
    $( this ).html("left: "+(d.left-r.left-2)+"
top: "+(d.top-r.top-2));	

    $.Ajax({
        url: 'registraPosizione.???', 
        type:post,
        data:{pos: d, orig: r}, //!! bisogna inviare anche un id dell'oggetto !!
        //ecc. ecc.
    });				
});
registraPosizione.??? si occuperà di memorizzare 'pos' e 'orig' leggendo i dati post dalla richiesta. I punti ??? li ho messi perchè non ho ben capito quale tecnologia puoi usare lato server embed e in ogni caso a meno di non parlare di .net personalmente non saprei come aiutarti