Ho risolto Il problema era molto più semplice di quello che sembrava:

dato che il primo messaggio di notifica l'ho settato in questo modo:
setNotification(0);

la variabile $_SESSION['notifyMessage'] era uguale a zero e quindi la funzione empty (inserita nel controllo if) restituiva FALSE.

Ho risolto modificando la riga incriminata in questo modo:
Codice PHP:
if (isset($_SESSION['notifyMessage']) && ($_SESSION['notifyMessage']!="")){ 
Spero almeno che possa essere utile a qualcuno!