Penso che l'unico modo sia di rinominare il file anteponendo le ultime cifre prima di tutto il nome file...
es:
0987-1234567_0987.pdf
0988-1678980_0988.pdf
0989-1875432_0989.pdf
0990-1467323_0990.pdf

così che windows li riordini correttamente...

Per rinominare massivamente e fare dinamicamente questi spostamenti sul nome file, puoi usare il software "renamer".