Quel codice genera semplicemente una lista di <a><img></a>
Se questo ti scombina il layout probabilmente dipenderà da come hai realizzato il layout stesso.
Questo però diventa un problema non di PHP ma di HTML/CSS.

Per far visualizzare anche la lingua scelta dall'utente è sufficiente togliere l'if
e quindi il codice diventa

Codice PHP:
foreach ($lingue as $k=>$v)
{
?>
[url="?lingua=<?php echo $k; ?>"][img]bandiere/<?php echo $flags[$k]; ?>.gif[/img]" title="<?php echo $v; ?>" border="0" />[/url]
<?php
}
Se non conosci il linguaggio PHP probabilmente avrai qualche difficoltà a realizzare un sito multilingua...