alora...
puoi fare così:

la funzione loadPopupBox() la parametrizzi per prendere qualsiasi DIV, così:
Codice PHP:
function loadPopupBox(mydiv) { 
    $(
'#overlay').fadeIn("fast");
    $(
'#popup_box'.mydiv).fadeIn("slow");

poi nel while quando crei le tue righe farai qualcosa di questo tpo:

Codice PHP:
while (....){
....
echo 
"<div id=\"#popup_box".$var."\" onClick=\"loadPopupBox($var)\">";
....