Ciao.
Facendolo anche con doc nuovi, fa pensare che il prob. sia circoscritto all'applicazione. Più che il ripristino, proverei a reinstallare il prog. Il motivo è che il ripristino non dovrebbe cancellare i file di configurazione. Non mi viene in mente che questo.
Prova ad usare questo metodo, prima di reinstallare:
http://help.adobe.com/it_IT/indesign...1ea8cb3f-6d1ba

Dato che i settaggi sono "locali", potresti anche provare a usare un utente diverso da quello che stai usando. Magari fanne uno nuovo.

P.S.
il metodo funziona anche con PS e AI.