L'esempio che hai postato invece utilizza il plugin innerfade di jquery

http://medienfreunde.com/lab/innerfade/

Per vedere come usarli leggi la documentazione dei plugin. Il tuo php ti fornisce già ciò che devi visualizzare, quindi non devi far altro se non incorporare gli script come richiesto, creare l'elemento soggetto all'animazione (un div di solito) e inserire in quel div i contenuti che andranno soggetti a transazione animata come richiesto dal plugin. Gli esempio sono molto semplici. Puoi provare prendendo un esempio e cercando di cambiare il contenuto rendendolo dinamico con PHP.