mmm... passiamo a fare qualche debug su CI... ovviamente vado a tentoni non avendo sottomano il progetto.

Parto da una domanda deficiente... sei sicuro che non esegui il destroy/garbage delle sessioni? (controlla direttamente nella tabella ci_sessions del db)

Cmq ultimo consiglio... all'interno del tuo controller di test dopo aver avviato la sessione stampa a video:
Codice PHP:
$data_session = $this->session->all_userdata();
echo '<pre>';
var_dump( $data_session );
// il nome del cookie è quello di default...
var_dump( $_COOKIE['ci_session'] ); 
... altrimenti nn saprei dirti. Ovviamente prova con tutti i browser verificando eventuali differenze fra di essi.