Se puoi modificare il php.ini troverai la direttiva short_open_tag, modificala per fargli accettare i tag <?
ma potresti comunque avere problemi perché <? potrebbero comunque essere interpretati come i tag di apertura di XML.

Per modificare tutti i tag di apertura in un colpo solo puoi fare così:
- scaricati Notepad++ (anche altri lo fanno ma io uso e conosco questo)
- apri tutti i file del sito
- va in "Cerca->Sostituisci"
- metti <? (con uno spazio finale, così se hai già qualche tag <?php non verrà toccato) nel primo campo
- metti <?php (di nuovo con lo spazio finale) nel secondo campo
- premi il pulsante "Sostituisci tutto nei documenti aperti"
- chiudi direttamente Notepad++ e dì di si a tutte le richieste di salvataggio
- Fine