Ho provato con serialize(), e mi restituisce una stringa, concatenata con &. Potrebbe andar bene come idea.
(Ho notato comunque un certo ritardo d'aggiornamento...ovvero su 5 checkbox, 2 selezionate, premo pulsante, tramite alert ottengo la querystring con le 2 coppie nome-value. Se clicco su una terza checkbox, e velocemente riclicco sul pulsante, continuano a uscirne 2 invece di 3. Se invece faccio check sulla checkbox n.3, aspetto un paio di secondi e poi premo il pulsante, la querystring è corretta e indica le 3 coppie nome-value. Come se ci fosse un ritardo d'aggiornamento...)

serializearray() invece non ho capito come usarlo.
e purtroppo non mi è nemmeno chiaro se posso passare un array tramite ajax oppure devo affidarmi alle singole variabili