C'è il CSS molto sporco, praticamente stabilisci l'altezza del footer in base al suo contenuto, quindi il browser non riesce a calcolare l'altezza del contenitore.

La proprietà che si rompe è il margin-top del copyright, siccome IE non capisce l'altezza del footer (contenitore), non è in grado di determinare il margine.
Chrome e Firefox sono più intelligenti, ma IE certe cose non le interpreta.

Metti un'altezza fissa, tanto il contenuto sarà sempre quello no?
Non è che devi gestire dati dinamici...