Allora sto continuando a lavorarci...in pratica mi succede questo:

Se utilizzo come sorgente un file vuoto, non mi scrive il testo, mentre se ne utilizzo uno che già contiene qualcosa, mi trovo con formattazioni che saltano e problemi relativi.

non è che qualcuno ha un file word con intestazioni/piè di pagina inseriti da java così da poter vedere come ha fatto?