potresti quando inizi una operazione principale creare una variabile del tipo
codice:
lavoroPesante = true;
e quando lo finisci riportarla a false

nello script postato metti un if che se trova la variabile == true non esegua la diminuzione della variabile contenente il tempo residuo (parselimit) oppure la diminuisca ma se arriva a 1(valore del refresh) non ricarichi la pagina ma riesegua la funzione fino a quando non hai finito l'operazione

Spero di essere stato chiaro