Se devi animare un pulsante, una scritta o qualcosa di più elaborato come i diversi dooddle di google, gli Ajax e i JavaScript sono validissimi.

Se mi parli di animazioni, non per il sito web, ma da inserire in esso, un elemento grafico animato... come le più che note animazioni flah, ecco che ajax e javascript non servono (anche se ti faccio notare, che dietro ai doodle animati ci sono JS), con HTML5 e CSS3 abbiamo più ampio e largo uso dei "Canvas" oltre che ad animazioni con CSS3...